Theo địa bạ tỉnh An Giang được xác lập ngày mùng 3 tháng 6 năm Minh Mệnh thứ 17 (Dương lịch 1836), thôn Khánh An thuộc tổng Châu Phú, huyện Tây Xuyên, phủ Tuy Biên[2].

Năm 1904, tổng An Phú được thành lập. Tổng An Phú thành lập từ 15 làng tách ra từ hai tổng Châu Phú và An Lương, diện tích toàn tổng là 17.071 héc-ta. Các làng gồm: (từ tổng Châu Phú) Khánh An, Khánh Bình, Sabâu, Kacôi, Nhơn Hội, Vĩnh Khánh, Khánh Hội và Kacôki; (từ tổng An Lương) Đồng Đức, Phú Hữu, Vĩnh Lộc, Vĩnh Hậu, Vĩnh Phong, Châu Giang và Phũm-xoài.[3]

Tháng 7-1942, Pháp giao làng Bình Di cho Cam Bốt, đổi lại Cam Bốt giao làng (cồn) Khánh Hòa cho xã Khánh An.[4] Làng Khánh Hòa ngày nay là ấp Khánh Hòa, xã Khánh An.

Năm 2005, một phần diện tích và dân số gồm 248 ha diện tích tự nhiên và 3.738 nhân khẩu của xã Khánh An và 174 ha diện tích tự nhiên và 4.054 nhân khẩu của xã Khánh Bình được tách ra để thành lập thị trấn Long Bình; xã Khánh An còn lại 541 ha diện tích tự nhiên và 11.046 nhân khẩu.[5]